El rutenio (del latín medieval Ruthenia, que significa "Rusia") fue descubierto por Karl Ernst Claus en 1844.​ Observó que el óxido de platino contenía un nuevo metal y obtuvo seis gramos de rutenio de la parte de platino que es insoluble en agua regia.

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Jöns Berzelius y Gottfried Osann casi lo descubrieron en 1827. Examinaron los residuos que quedaban al disolver una muestra de platino procedente de los Urales con agua regia. Osann pensó que había encontrado tres nuevos metales, a los que dio nombre, siendo uno de ellos el rutenio.

Es posible que el químico polaco Jedrzej Sniadecki aislara este elemento en 1807, pero este hecho no ha sido confirmado.

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Aunque los estadounidenses precolombinos utilizaron durante mucho tiempo aleaciones de platino naturales que contenían los seis metales del grupo del platino y los químicos europeos las conocían como material desde mediados del siglo xvi, no fue sino hasta mediados del siglo xviii que se identificó el platino como un elemento puro. Que el platino natural contenía paladio, rodio, osmio e iridio se descubrió en la primera década del siglo xix. El platino en las arenas aluviales de los ríos rusos dio acceso a la materia prima para su uso en placas y medallas y para la acuñación de monedas de rublo, a partir de 1828.18​ Los residuos de la producción de platino para la acuñación estaban disponibles en el Imperio Ruso y, por lo tanto, la mayor parte de la investigación sobre ellos se realizó en Europa del Este.

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Es posible que el químico polaco Jędrzej Śniadecki aislara el elemento 44, al que llamó "vestium" por el asteroide Vesta descubierto poco antes, de los minerales de platino sudamericanos en 1807. Publicó un anuncio de su descubrimiento en 1808.19​ Su trabajo Sin embargo, nunca se confirmó y luego retiró su afirmación de descubrimiento.​

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Berzelius no encontró ningún metal inusual, pero Osann pensó que encontró tres metales nuevos, a los que llamó pluranio, rutenio y polinio.4​ Esta discrepancia condujo a una larga controversia entre Berzelius y Osann sobre la composición de los residuos.20​ Como Osann no pudo repetir su aislamiento de rutenio, finalmente renunció a sus reclamos.​

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En 1844, Karl Ernst Claus , un científico ruso de ascendencia germano-báltica , demostró que los compuestos preparados por Gottfried Osann contenían pequeñas cantidades de rutenio, que Claus había descubierto ese mismo año.4​17​ Claus aisló el rutenio de los residuos de platino de la producción del rublo mientras trabajaba en la Universidad de Kazan, Kazan, de la misma manera que su congénere más pesado, el osmio, había sido descubierto cuatro décadas antes.​ Claus demostró que el óxido de rutenio contenía un nuevo metal y obtuvo 6 gramos de rutenio de la parte del platino crudo que es insoluble en agua regia. Al elegir el nombre para el nuevo elemento, Claus declaró: Llamé al nuevo cuerpo, en honor a mi Patria, rutenio. Tenía todo el derecho de llamarlo así porque el Sr. Osann renunció a su rutenio y la palabra aún no existe en Química.20​22​ Al hacerlo, Claus inició una tendencia que continúa hasta el día de hoy: nombrar un elemento con el nombre de un país.

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